Jakość wody jest ważnym elementem mającym wpływ na wybór systemu nawodnieniowego. Systemy kroplowe wymagają bardzo dobrej jakości wody. Przy stosowaniu deszczowni drobne zanieczyszczenia mechaniczne i organiczne nie stanowią problemu, większe agregaty „wychwycone” będą przez zgrubne filtry siatkowe. Nawadnianie kroplowe wymaga dokładnej filtracji elementów stałych zawartych w wodzie a przypadku wody o wysokim poziomie Fe i Mn także uzdatniania. Ze względu na swą specyfikę - mała średnica dysz zraszaczy oraz niewielkie rozmiary kanałów labiryntów umieszczonych w kroplownikach systemy mikro-nawadniania wymagają bardzo dobrej jakości wody. Zawartość żelaza lub manganu w wodzie powyżej 1-1,5 mg/l stanowi już  bardzo duże niebezpieczeństwo zapychania się emiterów kroplowych i wymaga odżelazienia. Praktycznie nie ma problemu z zapychaniem się emiterów przy zawartości żelaza poniżej 0,5 mg/l. W instalacjach, w których emiterami są minizraszacze nawet kilkakrotnie większa zawartość Fe lub Mn w wodzie nie stanowi jeszcze problemu (tabela 4).

Emitery kroplowe mogą być zapychane także przez rozwijające się w instalacji grzyby, bakterie i glony. które w sprzyjających warunkach namnażając się tworzą charakterystyczną śluzowatą masę blokującą kroplowniki.